在《水落石出3》中，刑警队长雷鸣与搭档陈雪联手调查一起连环失踪案。三名受害者在深夜被神秘车辆带走，现场只留下诡异的“雨夜杀机”纸条。随着调查深入，他们发现所有线索都指向十年前的一桩悬案——退休法医张建国的女儿意外死亡案。雷鸣在旧档案中发现关键证据，却遭到不明势力阻挠。陈雪险些遇害，雷鸣也被停职。他暗中追查，最终在废弃诊所找到被囚禁的幕后真凶——当年误判案件的检察官。真相浮出水面，正义虽迟但到。