第二季中，克拉克·肯特在继续隐藏身份的同时，面对更强大的敌人——莱克斯·卢瑟的阴谋和来自氪星的陨石怪。超人在保护大都会的过程中，逐渐发现自己与生俱来的领导力，并与露易丝·莱恩的感情线交织。本季高潮在于超人对抗神秘组织“阴影”，揭露政府与外星科技的勾结，最终以超人牺牲部分能力换取和平收尾，为第三季埋下伏笔。