萌学园和平再现危机，暗黑势力卷土重来。本片讲述萌骑士们发现远古封印即将崩溃，黑魔王企图夺取神秘晶石复活。大甜甜老师离奇失踪，奈亚公主能力失控，夸克族与人类世界濒临毁灭。为阻止浩劫，萌骑士们必须学会全新的团结咒语，克服内心恐惧。他们深入暗黑巢穴，与变异怪兽搏斗，最终发现真正的敌人竟是来自未来的黑暗版自己。一场关乎时空存亡的圣战，在萌学园废墟上激烈展开。