在《半条命3》中，科学家戈登·弗里曼重返地球，发现联合军已彻底改变世界。他加入地下抵抗组织，利用重力枪和新型科技武器，穿越荒废城市与异星战场。剧情揭露联合军入侵的真正目的——毁灭人类意识以抽取能量。戈登必须找到隐藏的“共鸣水晶”，触发连锁爆炸摧毁联合军核心。途中，他与老搭档爱丽克斯重逢，联手破解谜题，对抗巨型合成体。最终在绝望中，戈登牺牲自己，启动时空逆转，世界重归混沌，为续作埋下伏笔。