沉睡在太平洋深渊的巨兽加帕，因人类深海采矿的震动而苏醒。它登陆东京，引发巨大恐慌。自卫队出动坦克与战机，但常规武器对其毫无作用。科学家发现加帕的皮肤能反射声波，于是研制出特殊声波发射器，以共振原理使其痛苦逃离。然而，在追踪过程中，一名研究员发现加帕并非主动破坏，而是在消除海中的有毒污染物——它的肉身能吸收并分解塑料垃圾。最终，人类与加帕达成默契，不再侵扰它的栖息地。影片以加帕潜入深海、默默守护地球的镜头结束，反思人类对自然的破坏。