《神秘博士第六季》以一场震撼的死亡开场——博士在湖边被身穿宇航服的杀手射杀，但时间线却异常错乱。故事围绕神秘的“沉默”物种展开，这群只能被目击者记住而遗忘的存在，操控着人类历史的暗流。博士、艾米和罗瑞穿越古今，从美国西部到未来太空，破解沉默的阴谋。艾米与罗瑞的婚姻面临考验，而博士的死亡真相牵扯出更庞大的宇宙阴谋。本季结局揭示了时间线被修补，博士得以复活，但“沉默”的威胁仍在延续，为后续剧情埋下伏笔。