在第二季中，灯塔守卫者林深发现23号灯塔的信号异常，指引船只偏离航道。与此同时，岛上频现神秘符号和失踪事件。林深与记者苏晴联手调查，逐渐揭开灯塔背后隐藏的百年秘密——一座被遗忘的实验室和实验体“灯塔计划”。随着迷雾消散，真相令人毛骨悚然：灯塔不仅是导航工具，更是控制人类意识的装置。林深必须在拯救好友与摧毁邪恶系统之间做出艰难抉择，而黑暗中，更大的阴谋正在逼近。