一名海洋生物学家受邀前往偏远海岛调查离奇失踪事件，却发现当地渔民接连被一只巨型鱼怪拖入深海。随着调查深入，他震惊地发现鱼怪竟是前作中那条传奇大鱼的变异后代，因海底核废料污染而狂暴化。博士与幸存渔民联手，利用声波武器与鱼怪展开殊死搏斗。然而鱼怪拥有惊人的智慧，一次次破解陷阱。最终，博士引爆海底油井，用烈焰摧毁了鱼怪巢穴，但自己也险些葬身火海。这场人与变种巨兽的恶战，揭示了人类污染海洋的惨痛后果。