《皇朝太医》以明朝为背景，讲述民间郎中林轩因机缘入太医院，凭借高超医术与正直品行，在宫廷斗争中屡次化解危机。他救治皇帝于垂危，揭露后宫阴谋，却因此遭奸佞陷害。一场瘟疫席卷京城，林轩发现背后有人投毒，他必须与时间赛跑，既要找出解药，又要揪出真凶。在与公主的情愫和皇权压力下，他选择了大义，最终以医道济世，挽救王朝命运。剧中展现中医望闻问切之精妙，及太医在权力漩涡中的坚守与无奈。