在纽约市的下水道中，四只忍者神龟——莱昂纳多、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗——在师父斯普林特的教导下长大。他们渴望被人类接受，但始终隐藏身份。一次意外中，他们结识了勇敢的女记者艾普莉尔，并得知一个名为“超级苍蝇”的变种人组织正计划释放所有变种人，统治世界。神龟们必须与盟友并肩作战，利用各自的忍者技能和团队合作，阻止这场阴谋。影片以幽默风格和炫酷动作场面，讲述了青少年英雄的成长与自我认同，传递了友谊与勇气的力量。